El proceso electoral para elegir alcaldes en centros poblados de Huánuco se vio frustrado en varias localidades el domingo 1 de noviembre, destacando la paralización de los comicios en Llicua y Ayancocha. A diferencia de las elecciones generales, estos procesos son administrados por comités de cinco vecinos elegidos por sorteo municipal, utilizando por primera vez un padrón electoral elaborado por el Registro Nacional de Identificación y Estado Civil (Reniec).
En el centro poblado de Llicua, distrito de Amarilis, la jornada electoral se interrumpió poco después de las 11:00 a. m. ante las quejas generalizadas de ciudadanos antiguos que no figuraban en el padrón. El candidato Marco Gutiérrez, de la lista Llicua Adelante, señaló que intentaron habilitar una mesa especial para los excluidos, pero fue suspendida por autoridades de la Fiscalía, la Defensoría del Pueblo y la comuna provincial; posteriormente, la Policía desalojó el local y los postulantes dieron por anulado el proceso, aunque sin resolución oficial emitida.
Por su parte, en Ayancocha, distrito de San Rafael, provincia de Ambo, la votación en la institución educativa 32141 debió ser suspendida luego de que sufragaran aproximadamente 300 personas debido a un grave desabastecimiento de material electoral. La Prefectura de Ambo constató un faltante de 1.244 cédulas de sufragio que nunca llegaron a las mesas, problema al que se sumaron reclamos por habitantes nativos que tampoco fueron incluidos en las listas de votantes de la localidad.
La jornada también registró disturbios en Santo Domingo de Nauyán, donde se quemaron actas y se retuvo a miembros de mesa, así como incidentes durante el escrutinio en Colpa Baja y quejas de empadronamiento en Marabamba. Conforme al marco legal de la Ley 28440 y las disposiciones del Jurado Nacional de Elecciones (JNE), este organismo no tiene competencia para dirimir nulidades en centros poblados, por lo que las impugnaciones deberán resolverse ante el comité electoral y, en última instancia, ante los concejos provinciales de Huánuco y Ambo.
